La formation plénière, qui se réunit au moins deux fois par an, fixe les grandes orientations, permet aux membres de partager une culture et des objectifs communs et assure une communication régulière des travaux des commissions et des groupes de travail.
Les deux commissions travaillent sur des thématiques plus ciblées :
- La commission de l’éducation populaire ;
- La commission de l’insertion des jeunes.
Les deux formations spécialisées de la commission de l’éducation populaire  :
- L’une émet un avis concernant les demandes d’agrément des associations au titre des activités de jeunesse et d’éducation populaire ;
- L’autre émet un avis concernant l’habilitation des organismes de formation préparant aux brevets d’animateur et de directeur en accueils collectifs de mineurs (BAFA-BAFD).
Un ou plusieurs groupes de travail éphémères, créé(s) à l’initiative de la formation plénière ou d’une commission thématique pour expertiser une question spécifique.

La présidence du COJ est confiée à une personnalité nommée par décret du Premier ministre, sur proposition du ministre chargé de la jeunesse, pour une durée de trois ans renouvelable une fois. Par décret du 31 janvier 2022, Marie CAILLAUD est nommée présidente du Conseil d’orientation des politiques de jeunesse.

La présidente est assistée de deux vice-présidents : la présidente de la commission de l’éducation populaire (Anne CARAYON) et le président de la commission de l’insertion des jeunes (Antoine DULIN). Ces derniers, ainsi que leur vice-président, sont élus par les membres titulaires des commissions.

Le secrétariat général du COJ, fonctionnellement rattaché à la direction de la jeunesse, de l’éducation populaire et de la vie associative (DJEPVA), est chargé de l’organisation des activités du conseil et de la conduite des travaux, conformément aux orientations définies par la Présidente. Il est composé de :
• Un Secrétaire général, Pierre MONTAUDON ;
• Une adjointe au Secrétaire général, Naouel AMAR ;
• Une assistante, Nora MOUNIB ;
• Un stagiaire, Alban TESSIER.

Le règlement intérieur, adopté par la formation plénière du COJ, conformément à l’article 6 du décret, définit la composition du bureau du COJ. Ainsi, le bureau est composé de :
• La Présidente du COJ, Marie CAILLAUD ;
• La Présidente de la commission de l’éducation populaire, Anne CARAYON ;
• Le Vice-Président de la commission de l’éducation populaire, Fabien GUICHOU ;
• Le Président de la commission de l’insertion des jeunes, Antoine DULIN ;
• La Vice-Présidente de la commission de l’insertion des jeunes, Jeanne PECHON ;
• La Déléguée interministérielle à la jeunesse, Emmanuelle PERES ;
• Le Secrétaire général, Pierre MONTAUDON, et son équipe (avec voix consultative).

Enfin, l’Institut national de la jeunesse et de l’éducation populaire (INJEP), service à compétence nationale rattaché à la directrice de la jeunesse, de l’éducation populaire et de la vie associative (DJEPVA), concourt par ses travaux à éclairer le COJ sur toute question de sa compétence.

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